บริษัท ปุ๋ยเอ็นเอฟซี จำกัด (มหาชน) (“บริษัท”)  เริ่มก่อตั้งครั้งแรกใช้ชื่อว่า บริษัท ปุ๋ยแห่งชาติ จำกัด ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน 2525 (ภายใต้โครงการปุ๋ยแห่งชาติของทางภาครัฐบาล) โดยเป็นการร่วมทุนระหว่างภาครัฐและภาคเอกชนเพื่อทำการผลิตปุ๋ยเชิงประกอบ เพื่อทดแทนการนำเข้าปุ๋ยเคมีจากต่างประเทศ มีที่ตั้งของโครงการอยู่ที่นิคมอุตสาหกรรมมาบตาพุดจังหวัดระยอง และมีทุนจดทะเบียนเริ่มแรกจำนวน 50 ล้านบาท
และได้รับการส่งเสริมการลงทุนจากคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน (BOI)

ต่อมาในเดือนมกราคม 2536 บริษัทได้เริ่มจำหน่ายปุ๋ยเชิงประกอบ(NPK)เข้าสู่ตลาดโดยการนำเข้าปุ๋ยเคมีสำเร็จรูปมาจำหน่ายภายใต้เครื่องหมายการค้า “ปุ๋ยแห่งชาติ” เพื่อเป็นการสร้างฐานการตลาดในระยะแรกก่อนที่บริษัทจะทำการผลิตและจำหน่ายจากโรงงานของบริษัทและได้เริ่มก่อสร้างโรงงานผลิตปุ๋ยเคมีเชิงประกอบ(CN-P-K)ในปี 2538  เมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2538 บริษัทได้แปรสภาพเป็นบริษัทมหาชนโดยใช้ชื่อว่า บริษัท ปุ๋ยแห่งชาติ จำกัด (มหาชน)โดยมีวัตถูประสงค์หลักผลิตและจำหน่ายปุ๋ยเคมีและเป็นบริษัทจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ได้รับเข้าเป็นสมาชิกตั้งแต่วันที่ 26 สิงหาคม 2539 ต่อมาในปี พ.ศ 2546 จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น บริษัท ปุ๋ยเอ็นเอฟซี จำกัด (มหาชน)

ปัจจุบันนอกจากการจำหน่ายปุ๋ยเคมีแล้ว ยังบริษัทฯ ยังได้มีการจำหน่ายยิปซั่ม  แอมโมเนีย กรดกำมะถัน และบริการคลังสินค้า อีกด้วย